类器官联合单细胞测序技术的研究路线？
准备4-6个24孔板的类器官，确保类器官细胞量在5x106个，收集后去除干净基质胶，将类器官沉淀放入保存液中，放在冰上4℃运输（用泡沫缓冲，避免类器官直接与冰直接接触），24-48h送到。
上样体积40ul左右，大概1x104-2x104个细胞。
同组的类器官样本遗传背景和培养条件都是尽可能保持一致的，一组保留至少3个重复样本，方便后续统计分析。
一般有两种情况，对于公认现有marker，可以通过marker基因表达情况来定义细胞类型（例如上皮细胞、T细胞、成纤维细胞等）。第二种情况，对于正在分化过程中的细胞，在没有marker基因表达确定的细胞，可以通过功能通路来定义细胞类型。
类器官建立：①培养条件优化；②发育过程分析
类器官评估：①转录组分析；②细胞类群分析；③病理组成分析
类器官模型：①药物筛选；②耐药机制研究；③分化发育研究；④突变机制研究
单细胞测序与类器官的应用场景主要分为以上三大类，其他结合应用场景细分如下图所示：
为什么单细胞测序技术可以助力类器官的组织发育研究？
体外类器官由干细胞发育而来，能够模拟组织器官的发育过程，通过对不同时期的类器官进行比较，可以研究组织器官发育过程中重要的调控因子。单细胞测序技术能够解析发育过程中细胞组织的变化，以及基因表达水平的改变，能够深入挖掘组织器官发育中的关键调控因子。可以通过单细胞转录组测序的拟时分析，探究类器官细胞的分化发育轨迹；同时可以通过单细胞染色质可及性分析探究类器官细胞发育早期染色质的开放特征，将细胞发育和表观遗传相关联。
由于在肿瘤生长过程中，肿瘤细胞呈现出多种改变，从而使肿瘤的生长速度、侵袭能力、对药物的敏感性、预后等各方面产生差异。那么结合单细胞测序进行细胞异质性研究，可以通过细胞分群区分类器官中的各类异质性细胞，研究肿瘤内不同类型细胞间的互作，从而深入探究肿瘤发生发展的机制，解析疾病肿瘤的亚型。
类器官是人源化模型，人体类器官更能反应人体对药物的反应，来源于人体肿瘤的类器官也更能准确反应耐药机制，可以为临床用药提供准确的指导，而这些研究通常需要丰富的细胞种类。借助单细胞测序技术依据无偏捕获细胞被标记且通量高的特性，可以完成多种细胞类型对多种药物敏感程度的实验，分析单细胞测序结果，分析类器官细胞基因的表达变化情况，筛选最优药物，同时探究细胞耐药和药物作用机制。
近年来，类器官技术的出现加速了肿瘤学、发育学、药物研发等多个领域的发展。随着单细胞测序技术的发展，已经延伸出了单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、动态转录组测序和空间转录组测序等多组学技术。因此，将类器官技术与单细胞测序技术相结合，能极大程度地推动生命科学领域的发展，更能高效的为人类医疗服务。
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